Colombia
Ley autoriza descuentos por incapacidad médica: cómo afectaría a los empleados
Normativa señala los casos en que la empresa ya no está obligada a pagar el 100 % del salario.
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6 de nov de 2025, 05:57 p. m.
Actualizado el 6 de nov de 2025, 05:57 p. m.
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En Colombia, el marco legal sobre incapacidades médicas laborales se divide en dos tipos: la primera es una incapacidad por un malestar o enfermedad general que emite la EPS y no está relacionada con el ámbito laboral, y la segunda es la generada por una enfermedad o incidente laboral por estar expuesto a riesgos vinculados con las funciones laborales.
En ese sentido, es importante que tanto los trabajadores como empleadores conozcan que las incapacidades no se pagan de forma integral sin importar los días estipulados por el médico, ya que la ley autoriza la realización de descuentos por estas ausencias.

Según el Departamento Administrativo de la Función Pública (DAFP), cuando un trabajador presenta incapacidad por enfermedad general, la primera y segunda jornada están cubiertas al 100 % por la empresa.
Sin embargo, a partir del tercer día se considera que se genera una vacancia temporal del empleo y el pago pasa a cargo de la EPS que corresponda, con un monto equivalente al 66,66 % del salario durante los primeros 90 días. Esto implica que, por ejemplo, un trabajador que normalmente recibe 100.000 pesos diarios verá reducido su ingreso a 66.660 pesos diarios en ese período.

Si la incapacidad se extiende más allá de los 90 días y hasta los 180 días, la remuneración baja al 50 % del salario. Y cuando el periodo supera los 180 días, el trabajador debe iniciar un trámite distinto, lo que finalmente podría implicar su retiro del servicio.
En ese caso de que el trabajador no muestre mejoría durante ese periodo, el fondo de pensiones al que este afiliado deberá remunerar la incapacidad y entrará a evaluar el nivel de pérdida de capacidad laboral para una posible pensión de invalidez.
Estos cambios generan repercusiones, para el trabajador representa una pérdida significativa de salario si la incapacidad se extiende más allá de dos días y como es nueva la normativa, muchos podrían desconocer que este mecanismo está permitido por ley, lo que puede generar conflictos laborales.
Para los empleadores, el mecanismo reduce su carga inmediata de pago, pero también supone que deben estar bien informados para aplicar correctamente los mecanismos de pago y comunicación al trabajador. Además, la empresa debe diferenciar correctamente el tipo de incapacidad y su procedencia para evitar sanciones o interpretaciones erróneas.
Las empresas y los trabajadores deberán revisar la normativa interna, los contratos y sus derechos para asegurarse de actuar conforme a las reglas vigentes.
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